El Mediterráneo es un mar rodeado de núcleos urbanos e industriales y, como tal, la contaminación puede ser elevada en lugares cercanos a estos núcleos. La contaminación por plásticos es una de las tipologías de polución que afectan a mares y océanos. Cada día, 730 toneladas de residuos plásticos van a parar al mar Mediterráneo, aumentando su nivel de contaminación. Este plástico representa entre el 95 y el 100% del total de los desechos flotantes y más del 50% de los desechos del fondo marino. Y sus niveles de concentración en el mar amenazan ya tanto a las especies marinas como a nuestra propia salud.  
Existen además otros tipos de contaminación, como la química, que puede causar eutrofización por exceso de nutrientes en el agua y los sedimentos; o la acústica.

Los hábitats son lugares con unas condiciones ambientales específicas donde se desarrolla y vive una determinada comunidad de organismos. En el Mediterráneo se han identificado un elevado número de hábitats que están amenazados por actividades como la pesca de arrastre o las anclas de los barcos, además de la contaminación marina y la emergencia climática. 
Las praderas marinas como la posidonia es un hábitat del Mediterráneo que ha sufrido un alto índice de destrucción desde la segunda mitad del siglo XX (se ha perdido un 13% de la posidonia, llegándose al 40% en algunas zonas del Mediterráneo). También conocidas como “el carbono azul”, la Posidonia oceanica son uno de estos hábitats que suponen un tesoro valiosísimo para el planeta por su capacidad de absorber carbono y emitir oxígeno, ser hogar de miles de especies marinas, amortiguar el impacto del oleaje y proteger de la erosión a las costas.

La sobrepesca es la principal causa de amenaza de extinción de numerosas especies en el Mediterráneo. El 73% de ellas están sobreexplotadas, es decir, que pescamos más de lo que la naturaleza puede reponer. Esto hace que el tamaño de las poblaciones de peces vaya disminuyendo gradualmente, se desequilibre el ecosistema y ponga en peligro el futuro de la actividad económica.

El aumento de temperatura del mar Mediterráneo está propiciando la aparición de nuevas especies invasoras en sus aguas. Al menos 1.000 de ellas han llegado desde zonas más cálidas, desplazando a las autóctonas. Esta tendencia también se está viendo favorecida por el intenso tráfico marítimo del Canal de Suez o el Estrecho de Gibraltar. Nuestro mar ha perdido el 41% de sus principales depredadores desde la segunda mitad del siglo XX, incluidos los mamíferos marinos. Y los ecosistemas de coralígeno (cruciales para combatir el cambio climático y el mantenimiento de la pesca) también se ven amenazados por esas especies invasoras.